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商家可以通过快递公司的官方网站或者快递公司的物流查询平台进行批量查询快递发票申请。通常情况下,商家需要登录账户,选择批量查询功能,然后输入快递单号或者订单号等信息进行查询。另外,也可以通过快递公司的客服电话或者客服邮箱进行咨询和申请。不同的快递公司可能有不同的操作流程,建议商家根据实际情况选择适合自己的查询和申请方式。