精确度不同：System.nanoTime() 返回的是纳秒级别的时间戳，其精确度比 System.currentTimeMillis() 高。System.nanoTime() 主要用于测量时间间隔或者性能分析。
时间基准不同：System.currentTimeMillis() 返回的是自 1970 年 1 月 1 日以来的毫秒数，是相对于系统时间的，它可以被改变，比如用户手动修改系统时间。而 System.nanoTime() 返回的是相对于 JVM 启动时的纳秒数，不受系统时间影响。
用途不同：System.currentTimeMillis() 适用于需要获取当前时间的场景，比如记录日志，计算时间间隔等；而 System.nanoTime() 适用于需要高精度计时的场景，比如性能评估，定时任务等。
总的来说，如果只是需要获取当前时间或者计算时间间隔，可以使用 System.currentTimeMillis()；如果需要进行高精度的时间测量或者性能评估，可以使用 System.nanoTime()。
